《暂行办法》规定，全国股份转让系统挂牌股票转让可采取做市方式、协议方式、竞价方式或证监会批准的其他转让方式。股票在全国股份转让系统挂牌的公司为非上市公众公司，股东人数可以超过200人，接受证监会的统一监督管理。
根据《暂行办法》，全国股份转让系统实行主办券商制度，主办券商业务包括推荐股份公司股票挂牌，对挂牌公司进行持续督导，代理投资者买卖挂牌公司股票，为股票转让提供做市服务及其他全国股份转让系统公司规定的业务。此外，根据《暂行办法》，在证券公司代办股份转让系统的原STAQ、NET系统挂牌公司和退市公司及其股份转让相关活动，由全国股份转让系统公司负责监督管理。
　　协议转让是指产权交易双方在交易中心主持下通过洽谈、协商以协议成交的交易方式。
　　企业产权转让中，由于目前市场机制尚不完善，而产权转让又涉及到转让方案的设计、职工安置、债权、债务的处理，产权转让行为的报批、资产的评估等诸多情况，所以企业产权交易往往还是以协议转让为主。但是国务院国有资产监督管理委员会在《企业国有产权转让管理暂行办法》中明确规定了产权转让程序，也在第十八条规定“经公开征集只产生一个受让方或者按照有关规定经国有资产监督管理机构批准的，可以采用协议转让的方式。采取协议转让方式的，转让方应当与受让方进行充分协商，依法妥善处理转让中所涉及的相关事项后，草签产权转让合同，并按照本办法第十一条的规定程序进行审议。”第三十条规定“对于国民经济关键行业、领域中对受让方有特殊要求的，企业在实施资产重组中将企业国有产权转让给所属控股企业的国有产权转让，经省级以上国有资产监督管理机构批准后，可以采取协议转让方式转让国有产权。”